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En el transcurso del siglo XVIII, las iglesias de la ciudad de Braga fueron objeto de profundas remodelaciones, ocurriendo, simultáneamente, la edificación de la raíz de otros templos, en un impulso constructivo de gran repercusión, que reveló el trabajo de maestros tan significativos como Manuel Fernandes da Silva. La Iglesia dos Terceiros, implantada en el centro histórico de la ciudad, fue uno de los primeros ejemplos de esta dinámica, debiéndose su edificación a la Orden Tercera de San Francisco, que pretendía disponer de una sede propia (originalmente establecida en la Sé de Braga, con estatutos aprobados en 1615, (reformado en 1680) y, después, en la capilla del Espirito Santo, en el Hospital de San Marcos) (MENDES, 1994).
Los terrenos han sido adquiridos en la última década del siglo XVII, y los documentos conocidos remontan  al primer contrato de la obra de la iglesia, firmado por el maestro Domingos Moreira, en 1 de Febrero de 1694. Siguieron varios otros documentos contractuales (OLIVEIRA, 1993, p.48),  pero permanece por identificar el autor del proyecto, cuyos valores todavía se encontraban muy apegados al manierismo. 
Esta referencia a los valores arquitectónicos de Seiscientos puede que esté en el origen de la demolición de la fachada, en 1707, sustitución por una otra, concebida por Manuel Fernandes da Silva y, muy probablemente, más cercana del vigor de la arquitectura barroca, entonces emergente (principalmente al nivel del remate). En realidad, la fachada principal de la iglesia dos Terceiros presenta una estructura muy similar a la que observamos en la iglesia de San Victor y en la iglesia de San Vicente, edificadas en la misma época, aunque los elementos decorativos de los Terceiros sean más contenidos. Los tres templos comparten, aún, la misma organización de volúmenes, con la torre del campanario en el eje de la capilla mayor.