Fundada en 1513, la hermandad de la Misericordia de Braga tuvo permiso de Don Diogo de Sousa, arzobispo de la ciudad, para instalarse en una de las capillas del claustro de la Sé, nombrada entonces como Capilla de Jesus da Misericordia . No obstante, a mediados de la centuria el espacio de que la cofradía disponía se volvió exiguo, por lo que en 1558, los hermanos decidieron edificar un templo de raíz, localizado junto a la Sé. La traza de este templo es atribuida al arquitecto Manuel Luis, maestro de Porto, autor de la capilla mayor de la Misericordia de Porto (RUÃO, Carlos, 1996, pp. 202-205). La edificación del templo ha sido iniciada cerca de 1560, siendo registrado el año "1562" en la portada principal, indicando probablemente la fecha en que se ha terminado la fachada.
En los años siguientes se hicieron la primeras obras de decoración del espacio interior, con la edificación de diversos retablos patrocinados por los hermanos que querían hacerse sepultar en el interior del templo (CASTRO, Maria de Fátima, 2001, pp. 15-16). Los registros de la Misericordia de Braga indican que en 1577, la hermandad contrató el pintor António Juzarte para hacer las pinturas integradas en un retablo lateral, situado en lado de la Epístola, cuya talla fue elaborada por los maestros Lucas Fernandes y Jácome Pires. En 1590 el pintor bracarense Francisco Soares fue contratado para decorar al fresco el techo del coro bajo, que debería ser pintado con "motivos de romano a modos de “brutesco" (SERRÃO, Vítor, 1999, p. 287).
La iglesia de la Misericordia de Braga es un templo longitudinal, de nave única formando con la Casa do Despacho un conjunto en L. En su conjunto, presenta dos lenguajes muy distintos, la estructura manierista de gusto flamenco, y el programa decorativo barroco, a lo largo de los siglos XVII y XVIII.
El proyecto del templo trazado por Manuel Luís demuestra un conocimiento de los modelos manieristas más eruditos, donde se destaca la fachada principal de lenguaje de flamenco, muy similar al templo de San Domingos de Viana do Castelo, trazado por João Lopes o Moço en la misma época, y que servirían de inspiración a posteriores obras edificadas en el noroeste portugués, como el templo de San Gonzalo de Amarante, o la Misericordia de Guimarães.
