A finales del siglo XI, fue fundado el monasterio románico, que recibió en 1110 la “Carta de Couto”, otorgada por el conde Don Henrique. Durante la baja Edad Media, el monasterio se hizo poseedor de un amplio patrimonio. En la primera mitad del siglo XVI, el monasterio fue ampliado por intermedio del Abad Comendatario Fray Antonio de Sá. En 1567 se convirtió en la Casa-madre de la Congregación de San Benedicto de Portugal y del Brasil. En la primera mitad del siglo XVII, se inició la gran campaña de reconstrucción del monasterio, de la cual resultó el conjunto existente en la actualidad. El inicio de los trabajos de reconstrucción se basa todavía en el estilo manierista, pero el barroco y el rococó triunfarían en las campañas desarrolladas en los siglos XVII-XVIII. De todo el conjunto edificado destacamos la iglesia, uno de los templos más grandiosos del país y una de las más importantes referencias del arte barroca en Portugal. Con la extinción de las órdenes religiosas, el monasterio es cerrado en 1834 y su patrimonio es vendido en una subasta. En 1864 el edificio del convento y la valla, con la excepción de la iglesia, la sacristía y el claustro del cementerio, pasan a manos privadas. Propiedad de privados, a partir de los años 50 del siglo XX, el monasterio entra en decadencia y degradación.
Fue comprado por lo Estado Portugués en 1986, vacío y en avanzado estado de degradación, que empezió entonces su recuperación y promoción cultural. Además del uso cultural y museológico de la iglesia, está prevista la refundación de una comunidad monástica, la musealización de varios espacios del edificio y la implementación de un centro de estudios, teniendo en cuenta la importancia del Monasterio de San Martinho de Tibães en la “Ruta Benedictina” portuguesa.
