O nome é a simplificação de Vila Cova ou da freguesia de Vila Cova de S. Miguel de Morreira, que terá resultado da expansão de uma “villa” romana. O Lugar do Palácio pode derivar da existência de residências de grandes senhores. D. Afonso Henriques fez da freguesia uma “honra”. Em 1220, surge como S. Miguel de Vila Cova e em 1290 aparece já como paróquia.

Em 1528, estaria anexa ao Mosteiro de Oliveira, da terra de Vermoim. De acordo com o Pe. Carvalho, foi vigararia da apresentação do Convento de Landim ou, segundo a Estatística Paroquial, datada de 1862, da apresentação do Convento de São Vicente de Faro. Posteriormente, passou a Reitoria. Segundo uma lenda, o topónimo da freguesia deriva do facto de a mesma estar situada entre dois Morros.