Diz a tradição que o nome da freguesia se deve a duas pedras que em tempos se encontravam no Monte da Pena e que estariam sobrepostas. O documento mais antigo, referente a Sobreposta, data de 1216, em que aparecem os topónimos de AURITOREIRA e REQUEIXO, ainda hoje presentes na toponímia local.

A fusão entre as freguesias de S. Tomé de Lageosa e Santa Maria de Sobreposta deu-se em 1749. Entre 1840 e 1855, esteve sob a jurisdição do Concelho da Póvoa de Lanhoso, tendo posteriormente transitado para o Concelho de Braga.