Esta freguesia já foi um importante polo da região, quando se fixou na localidade uma família nobre, os Sequeiras que lhe deixariam o nome. Em 1220 aquando das inquirições de D. Afonso II, existiam 3 paróquias ditas “de Sequeira”: Sta. Maria (padroeira da Freguesia) S. Julião e S. Saturnino, restando apenas a primeira. Aqui, existiam famílias de avultados haveres, os filhos de algo (fidalgos), por isso, “ditos de sequeira”, notável estirpe nobre medieval que procede do célebre D. Guterre, cujos bens foram doados por D. Henrique.

Sequeira sentiu desde os tempos medievais o progresso que lhe era trazido pela Via que ligava Braga a Barcelos, atualmente é atravessada pela nova autoestrada que aproxima Braga ao Oceano Atlântico, bem como pela autoestrada de Braga a Valença.